手足口病一般无明显后遗症，疾病痊愈后主要表现为发热症状消失，口腔溃疡和手足部皮疹消退。但少数患者病情严重，可能会出现多组织、脏器功能损害，出现病毒性脑炎等并发症，甚至可能会导致神经系统损害，引起脑炎后遗症等情况发生。