药物流产的危害视情况而定。如果完全按照医生指示进行药物流产，偶尔做一次，没有太多影响。如果短期内重复进行，则可能造成较大危害，甚至导致复发性流产或不孕等情况。

1、药物流产是将正常的怀孕周期阻断，因此对患者的内分泌有一定的影响，对月经和卵巢轴有一定的伤害。

2、药物流产属于非正常情况下的子宫内膜脱落，因此对患者的子宫内膜也有一定的影响，尤其是药流后蜕膜未完全排净、出血时间长、继发感染、再次刮宫等，都对子宫内膜有一定的伤害。