一般而言，通便灵胶囊的用法为口服，一次5-6粒，一日1次。
通便灵胶囊宜用适量温水送服，温水可帮助药物顺利通过食管进入胃内，利于药物溶解吸收以发挥药效。本品饭前或饭后服用无明确规定，但饭前服用时，药物能更快进入肠道，促进肠道蠕动、辅助排便的效果相对更佳。不过，脾胃功能较弱者饭前用药可能出现恶心、呕吐等不适，这类人群建议改为饭后服用。
需要注意的是，患者应严格按照医嘱或者药品说明书服用本品。孕妇以及对本品过敏者严禁使用；过敏体质者需谨慎使用；小儿和年老体弱者，应在医师的专业指导下服用。在服药期间，患者应忌食生冷、辛辣油腻的食物；若服药后症状没有得到改善，或者症状加重，甚至出现新的症状，应立即停止用药，并及时前往医院就诊。