菖蒲是统称，包含石菖蒲、水菖蒲（藏菖蒲）等多个品种，它们的区别主要体现在基源植物、性状、性味归经、功效主治等方面。
一、基源植物
1、石菖蒲：来源于天南星科植物石菖蒲的干燥根茎。
2、水菖蒲（藏菖蒲）：是天南星科植物藏菖蒲的干燥根茎。
二、性状
1、石菖蒲：呈扁圆柱形，多弯曲，常有分枝，表面棕褐色或灰棕色，粗糙，有疏密不匀的环节，具细纵纹，一面残留须根或圆点状根痕；叶痕呈三角形，左右交互排列，有的其上有毛鳞状的叶基残余。质硬，断面纤维性，类白色或微红色，内皮层环明显，可见多数维管束小点及棕色油细胞。气芳香，味苦、微辛。
2、水菖蒲（藏菖蒲）：呈扁圆柱形，略弯曲，表面灰棕色至棕褐色，节明显，具细纵纹，一面具圆密集圆点状根痕；叶痕呈斜三角形，左右交互排列，侧面茎基痕周围常残留有鳞片状叶基和毛发状须根。质硬，断面淡棕色，内皮层环明显，可见众多棕色油细胞小点。气浓烈而特异，味辛。
三、性味归经
1、石菖蒲：味辛、苦，性温；归心、胃经。
2、水菖蒲（藏菖蒲）：味苦、辛，性温、燥、锐；归心、肺经（不同文献表述略有差异，也有归心、肝经等说法）。
四、功效主治
1、石菖蒲：具有开窍豁痰、醒神益智、化湿开胃的功效。常用于治疗痰湿秽浊之邪蒙蔽清窍所致的神志昏乱、癫痫等；也可用于改善健忘失眠、耳鸣耳聋等症状；还能治疗湿浊中阻所致的脘痞胀痛、不思饮食等。
2、水菖蒲（藏菖蒲）：具有温胃、消炎止痛的功效。常用于补胃阳，治疗消化不良、食物积滞、白喉、炭疽等。
在使用时，无论选择哪种菖蒲，都需在专业中医医生的辨证指导下进行，以确保用药安全有效。
