菖蒲有保质期，其保质期通常为1~3年。
菖蒲的治疗效果依赖于其所含的活性成分（如挥发油、黄酮等），这些成分会随时间推移逐渐氧化或分解，导致含量下降，进而影响药效。因此，设定保质期（通常1~3年）是为了确保药材在特定时间内保持较高的质量与安全性。
即使未超过保存期限，使用者仍需定期检查药材的状态。若发现表面有霉斑、虫蛀痕迹，质地变软发黏、摸起来潮湿，或散发酸败/霉味等异常气味，提示药材可能已经变质，不应继续使用，以免药效降低或引发不良反应。
建议将菖蒲存放于阴凉干燥处，避免阳光直射或置于高温潮湿环境中；若为散装药材，建议按需购买、减少囤积，并优先使用新采收或近储存期限的批次，以保证用药的安全与治疗效果。