赤芍和丹皮（即牡丹皮）的功效区别在于赤芍能清泻肝火，而牡丹皮可清透阴分伏热。
赤芍和牡丹皮同属清热凉血药，皆味苦性微寒而归肝经，均能清热凉血、活血化瘀，都可用于治疗热入营血之斑疹吐衄，血滞经闭、痛经、癥瘕，肠痈腹痛，痈疮肿毒及跌打瘀肿。
然而，牡丹皮兼辛味，并入心肾经，善透阴分伏热而退虚热，又治热病后期之阴虚发热，久病阴伤之无汗骨蒸；赤芍苦泄而专入肝经，又善清泄肝火而止痛，治肝郁化火胸胁疼痛、肝火目赤肿痛。
总之，赤芍和牡丹皮属于两种不同的药物。临床应用时，需由专业的中医医生根据患者的具体病症表现来合理选择药物，方能充分发挥药物的治疗功效。患者不可自行判断、随意用药，以免用药错误而影响治疗效果或引发身体不适。