决明子本身没有毒性，但在特定情况下可能会引发一些不良反应。
决明子为豆科植物钝叶决明或决明（小决明）的干燥成熟种子，现代药理学研究发现其含有醌类成分（如大黄酚、大黄素甲醚、橙黄决明素、美决明子素）、脂肪酸类成分（如棕榈酸、硬脂酸、油酸）和挥发油（如二氢猕猴桃内酯）等成分，具有泻下、降血压、降血脂、抗菌、保肝、减肥和免疫抑制等作用。虽然实验研究发现决明子在高剂量下对大鼠具有显著毒性，可导致体重下降、食物及水消耗减少，对睾丸、骨髓、肾脏、结肠、直肠、肠系膜淋巴结等器官造成损伤，还可能影响肌肉线粒体功能，甚至造成死亡，不过目前尚无文献报道其在人体内的毒性过程。
决明子性微寒，若大量或长期使用，则可能损伤脾胃阳气，导致腹痛、腹泻等不适症状，甚至影响气血生成，对整体健康状况造成不良影响。此外，决明子具有降低血压的作用，大量长期服用的情况下可能导致低血压；决明子具有促进胃液分泌的作用，大量长期服用的情况下可能导致胃酸过多，引发胃部不适、反酸等症状，甚至可能加重胃溃疡等胃部疾病；决明子具有兴奋子宫平滑肌收缩的作用，对于孕妇、先兆流产来说可能增加流产或早产的风险。
需要提醒的是，决明子的使用需严格把控剂量与时长，避免大量或长期应用，同时脾胃虚寒者、低血压患者、胃部疾病患者（如胃溃疡）及孕妇、有先兆流产风险人群需格外谨慎，建议在专业医师的指导下根据自身情况合理使用，切勿盲目将其作为日常保健或减肥用品长期服用。