茯神与茯苓同源于多孔菌科真菌茯苓的干燥菌核，是同一药材的不同部位，核心区别在于药用部位及功效侧重不同。
从来源看，茯苓是茯苓菌核的干燥全体，多为去皮后的白色或淡棕色块状；茯神则是茯苓菌核中抱有松根的部分，药用时需保留松根或其残留痕迹。
功效上，二者均有健脾、利水渗湿的基础作用，但侧重差异明显。茯苓药性平和，利水作用更突出，是调理水肿、小便不利及脾虚食少的常用药；茯神则因松根的影响，增强了宁心安神的功效，更适合心脾两虚、心神不宁导致的失眠多梦、心悸健忘等症，利水作用相对较弱。
总的来说，茯苓以“利水健脾”为主，茯神以“宁心安神”为要，二者虽同源，但根据调理需求的不同，临床应用各有侧重，需辨证选用。