赤茯苓与白茯苓均源自多孔菌科真菌茯苓的干燥菌核，是同一药材不同部位加工而成，核心区别在于取用部位、外观及功效侧重点的不同。
从来源与加工看，白茯苓是茯苓菌核去除外皮后，取内部白色肉质部分制成；赤茯苓则是茯苓菌核去除外皮后，取内部靠近皮层的淡红色或淡棕色部分（即菌核的“赤筋”部分）加工而成，二者为同一菌核的不同区域。
外观与功效上，白茯苓色白、质地细腻，药性平和，以健脾益气为核心，利水作用较缓，更适合脾虚食少、心神不宁及日常食疗；赤茯苓色偏红棕、质地稍粗，药性偏凉，利水渗湿功效更突出，尤其擅长清利湿热，适用于小便不利、淋浊、水肿等湿热相关症状，健脾作用较弱。
总的来说，白茯苓偏于“健脾”，赤茯苓偏于“利水清湿热”，二者虽同源，但功效侧重差异显著，需根据具体病症的寒热虚实辨证选用。