茯苓的药用部位为多孔菌科真菌茯苓的干燥菌核，并非植物的根、茎、叶等器官，这一特性使其区别于多数根茎类或花叶类中药材，且其菌核的不同部位在药用价值上还存在细微差异。
茯苓菌核是茯苓真菌寄生在松科植物（如马尾松、赤松）根部，经过长期生长形成的块状肉质结构，通常生长于地下深层土壤中。新鲜菌核外皮较粗糙，呈棕褐色或黑褐色，内部则分为白色、淡红色等不同区域，这些区域均属于药用部位的范畴，只是后续加工时会根据需求区分使用（如白茯苓取用内部白色部分，赤茯苓取用淡红色部分）。
在药用加工中，菌核需先去除泥沙、杂质及外层的褐色栓皮（俗称“茯苓皮”，另有药用价值），再根据药用需求切成块状、片状或研磨成粉，制成生茯苓或经炮制为熟茯苓。无论是生用还是熟用，其核心药用成分（如茯苓多糖、三萜类化合物）均来源于干燥后的菌核，确保药效稳定。
总的来说，茯苓的药用部位是真菌茯苓的干燥菌核，其不同内部区域可进一步加工为不同规格的药材，且需经过规范处理去除非药用部分，才能更好地发挥其药用功效。