水菖蒲虽与石菖蒲同属菖蒲类，但因含挥发油等毒性成分，药用应用远少于石菖蒲，其功效需在专业处理和严格控制用量的前提下发挥，且更多见于特定领域，不可随意使用。
从药用角度看，经炮制处理后，水菖蒲性温、味辛苦，归心、肝、胃经，具有一定开窍豁痰、醒神益智的功效，理论上可辅助改善痰湿蒙蔽引发的神志昏乱，但效果不及石菖蒲稳定，且因毒性风险，临床中极少单独入药，多需与其他药材配伍以降低毒性；同时，它还具备化湿开胃、杀虫止痒的作用，外用（如煎水熏洗）可辅助缓解皮肤瘙痒、湿疹等问题，减少内服带来的中毒风险。
从非药用角度，水菖蒲的香气浓郁，可用于制作天然香料，或种植于水体中作为观赏植物，净化水质、美化环境，但此类用途不涉及药用功效，仅利用其形态与气味特性。
综上，水菖蒲虽有一定药用潜力，但毒性是首要考量，其功效需依赖专业炮制与严格用量控制，日常中不建议作为药材自行使用，更多用于观赏或香料领域，若需药用，必须在中医师指导下进行，避免中毒风险。