菖蒲的种类较多，按核心用途与特性可大致分为药用菖蒲和观赏菖蒲两大类，不同种类在形态、功效及用途上差异显著，需重点区分药用品种的安全性。
药用菖蒲中，最核心的是石菖蒲，也是药用主力。它植株较矮（通常30-50厘米），叶片细窄、呈线形，根茎较细且气芳香，毒性低，主要用于治疗神志异常、脾胃湿阻等病症，也可用于泡脚、泡澡等保健场景。
另一药用相关品种是水菖蒲，植株较高（可达1米以上），叶片宽大、呈剑形，根茎较粗且气味浓烈，含毒性成分，临床极少内服，仅特殊炮制后外用辅助止痒，日常需与石菖蒲严格区分，避免误用中毒。
观赏菖蒲则以形态美观为特点，常见品种有金钱蒲（叶片细小圆润，适合盆栽）、虎须菖蒲（叶片细长下垂，具观赏性）等，这类菖蒲多用于园林造景或家庭观赏，药用价值较低，不建议作为药材使用。
综上，菖蒲主要分为药用（石菖蒲、水菖蒲）与观赏（金钱蒲、虎须菖蒲）两类，其中石菖蒲是安全药用品种，水菖蒲有毒需慎用，观赏品种则侧重景观用途，需根据需求选择对应种类。