六神丸具有清热解毒、消肿利咽、化腐止痛的功效，可用于热毒导致的咽喉肿痛、吞咽困难、疖肿（急性化脓性皮肤病）、皮肤的红肿热痛等。本品与其他药物同时使用可能出现相互作用，应避免同时使用。具体如下：
1、因为心衰或者房颤服用地高辛的心脏病患者，应避免使用本品，因为本品可能加大地高辛的毒性，导致心动过缓或心律失常。
2、本品会降低消化酶的疗效，服用六神丸期间，不可以服用助消化药如多酶片、胃蛋白酶及淀粉酶。
3、本品也不宜与硫酸盐同服，如硫酸阿托品、硫酸亚铁等，以防增加本品中雄黄的毒性。
4、六神丸还需要避免与华素片合用，因为两者合用会产生有毒汞盐沉淀，可能会导致药物性肠炎，所以请避免使用。
5、本品既可以口服也可以外用，外涂本品时不建议在同一部位再使用其他外用药，避免出现相互作用。
6、服用本品期间，最好不要合用其他药物，如果需要，请提前咨询医师。