关苍术和北苍术的区别主要在于二者的来源不同、主产地不同、性状特征不同和化学成分不同。
1、来源不同：关苍术为菊科植物关苍术的干燥根茎；而北苍术为菊科植物北苍术的干燥根茎。
2、主产地不同：关苍术主产于辽宁、吉林、黑龙江、内蒙古等地；而北苍术主产于东北、华北及西北地区。
3、性状特征不同：关苍术呈结节状圆柱形，长4~12cm，直径1~2.5cm，表面深棕色，质轻，折断面不平坦，纤维性，气特异，味辛、微苦；而北苍术呈疙瘩块状或结节状圆柱形，长4~9cm，直径1~4cm，表面为棕黑色，除去外皮者黄棕色，质较疏松，断面散有黄棕色油室，香气较淡，味辛、苦。
4、化学成分不同：关苍术的挥发油中含有苍术酮、芹烷二烯酮、二乙酰苍术二醇、乙醛、糠醛、苍术烯内酯Ⅰ及少量苍术素；而北苍术的挥发油成分主要为β-桉叶醇和苍术素，还含有非挥发性成分如苷类、多糖、氨基酸、维生素等。
需要提醒的是，关苍术和北苍术虽功效相近，但《中国药典》仅收载茅苍术和北苍术作为正品苍术，关苍术为地方习用品，二者不可随意替代使用。