鸡内金的保存需遵循密封、干燥、通风、避光的基本原则。
1、密封：将鸡内金装入玻璃罐、食品级密封塑料罐或密封袋中，确保容器密封性良好（如密封袋需压出空气并封紧，玻璃罐需旋紧盖子），这是防止回潮和虫蛀的关键。必要时，可在密封罐或密度袋内放入食品级干燥剂。
2、干燥、通风、避光：将密封好的鸡内金存放在阴凉、干燥、通风的位置（如橱柜上层、抽屉内），避免靠近厨房灶台（高温潮湿）、卫生间（湿度大）或阳光直射区域（紫外线可能加速分解）。
通过上述方法，可确保鸡内金的药用价值。在存放期间，应留意鸡内金的状态。若发现发霉（表面有霉斑）、异味（酸腐味或其他异常气味等），说明已经变质，应及时丢弃，不可继续使用，以免给机体带来不必要的损害。