黄芩的药用部位是干燥根。
黄芩通常在春、秋二季采挖，此时植株根部的有效成分积累最为丰富，能更好保障药用功效。采挖后需经过规范加工：先除去须根与附着的泥沙，随后进行初次晒干；待晒至半干状态时，通过撞击去除根部粗皮，最后继续晒干至完全干燥，即可得到符合药用标准的干燥根。
黄芩根中含有多种活性化学成分，如黄芩苷、黄芩素等，是其发挥药用价值的物质基础。在传统医学中，性味苦寒，归肺、胆、脾、大肠、小肠经，具有清热燥湿、泻火解毒、止血、安胎的功效。临床应用中，其可用于治疗湿热黄疸、泻痢等病症；对肺热咳嗽、高热烦渴等热证有较好疗效；还能应对血热妄行导致的出血症，同时可缓解胎热不安等问题。
需要特别提醒的是，黄芩的使用需在专业中医师辨证指导下进行。不可自行随意服用，以免因辨证不当而延误或加重病情。