黄芩在规范辨证、合理使用的情况下，一般不会损伤脾胃，但使用不当则可能对脾胃产生不良影响。
黄芩是临床常用中药，具有清热燥湿、泻火解毒、止血、安胎的功效，常用于湿温暑湿、湿热痞满、肺热咳嗽、痈肿疮毒及血热出血、胎热胎动不安等病证。在中医理论指导下，结合患者具体病情与体质，将黄芩合理配伍其他药物，并控制适宜剂量与疗程，不仅不会损伤脾胃，还能充分发挥其治疗作用。
不过，中医有 “苦寒伤中” 的说法，这里的 “中” 即中焦，主要指脾胃。苦寒之药易克伐、耗伤脾胃阳气，而黄芩性味苦寒，若过量使用或长期服用，容易损伤脾胃阳气，引发食欲减退、腹部冷痛、喜温喜按、大便稀溏等不适。此外，黄芩味苦，苦味虽有燥湿作用，但过度使用还可能耗伤胃阴，导致胃部不适。
因此，黄芩务必在中医师辨证指导下使用，严格遵循医嘱的剂量和疗程，避免自行增加药量或延长用药时间。若本身存在畏寒怕冷、脘腹冷痛、易腹泻等脾胃虚寒表现，应避免使用黄芩。