藿香正气水是夏季的常用药物，夏季出现头痛、头昏、胸闷、呕吐、腹泻、腹胀以及周身沉重等外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒，或胃肠型感冒的症状时，可以适量服用这个药。建议饭后半小时喝，因为藿香正气水中有较高含量的酒精，对胃肠道有一定刺激性，饭后服用可以缓解药物对胃肠道的刺激。
服药期间饮食宜清淡，忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻食物；不宜同时服用滋补性中成药，如八珍丸、十全大补丸、人参归脾丸、人参养荣丸等，否则可能会加重自身症状。另外，本品含有毒性中药生半夏，应严格按用法用量服用，不宜过量或长期服用。服药三天后，如果症状没有改善，或用药期间出现明显的呕吐、腹泻，并有其他严重症状时，应去医院就诊。
还需要特别注意的是，本品含酒精，有服用后出现过敏性休克的情况，对酒精过敏者应禁用；酒精与头孢菌素类（如头孢氨苄、头孢呋辛、头孢他啶等）、甲硝唑、替硝唑、酮康唑、呋喃唑酮等药联合使用，可出现双硫仑样反应，主要表现为颜面潮红、头痛、恶心、呕吐、心悸、血压下降、胸闷、胸痛、气短、呼吸困难、休克等，所以应避免与这些药物同用。