首先喉症丸和六神丸在组成上有所不同，喉症丸由板蓝根、人工牛黄、冰片、猪胆汁、玄明粉、青黛、雄黄、硼砂、蟾酥（酒制）、百草霜组成，而六神丸由麝香、蟾酥、雄黄、冰片、珍珠粉、牛黄组成。
其次从功效上来讲，两药都具有清热解毒，消肿止痛的作用，而喉症丸用于咽炎、喉炎、扁桃体炎及一般疮疖，六神丸可以用于治疗以上所说的病症外，还可以用于一切无名肿毒、白血病、食管癌等，作用范围相对于喉症丸更广泛。
最后从使用方法上来说，两药既可以口服也可以外用。喉症丸口服时是需要含化的，而六神丸通常是需要温开水吞服的，因为本品局部麻醉作用强，长时间含化或者用量较大，容易导致口舌麻木、软腭局部神经损害，但也不是说不可以含服，含服之前需要咨询医师，并且需要严格控制剂量和含化时间。
喉症丸和六神丸均为处方药，是需要在医师指导下使用的。就诊时，医师根据您的病情，会帮您选择合适的治疗药物，所以自己不要盲目用药。而且两药都含有毒性成分，请严格按照医嘱用药。