藿香正气水和藿香正气液的功效基本上是一样的，都可以用于外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒，以及胃肠型感冒，表现为怕冷、头痛、头昏、胸闷、呕吐、腹泻、腹胀以及周身沉重等。但藿香正气水的药效更加峻猛，而藿香正气液的药效相对比较柔和。
此外，藿香正气水的味道比较难闻，服用时口感较差，可能容易引起恶心、呕吐等；而且还含有较高浓度的酒精，有些人服用后容易出现脸红或过敏症状，服药后开车还可能被测出是酒后驾车。而由于制备工艺不同，藿香正气液不含酒精成分，口感相对较好，服用时比较方便，更适合需要开车或酒精过敏的患者。
大家可以根据自己的需求来选择药物，如果体质允许，也不用开车，没有酒精过敏，能忍受辛辣药味，可首选藿香正气水，药效会更好。服药期间不要吃甜食、生冷、荤腥等容易产生湿气的食物，以免影响藿香正气水的祛湿效果。
还需要特别注意，服用藿香正气时，不能与头孢菌素类（如头孢氨苄、头孢呋辛、头孢他啶等）、甲硝唑、替硝唑、酮康唑、呋喃唑酮等药联合使用，因为可能出现双硫仑样反应，主要表现为颜面潮红、头痛、恶心、呕吐、心悸、血压下降、胸闷、胸痛、气短、呼吸困难、休克等，严重时可能导致死亡。