如果您在服用藿香正气水期间出现过敏的症状，应及时停药，严重者需要立即就医治疗，以后也不可以再服用。另外，本品含有较高浓度的酒精，有服用后出现过敏性休克的情况，这是很严重的，酒精过敏者也要禁用。此外，还有些患者也要避免服用藿香正气水，比如儿童、孕妇及哺乳期妇女，其中孕妇服用后有导致流产的风险。
机动车驾驶员、高空作业者、机械作业及操作精密仪器者也要避免使用，以免服药后出现头晕等副作用，影响大脑的判断能力以及反应速度，而且驾驶员还可能被测出是酒后驾车；高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者也要慎重用药，应在医师指导下服用。
服药期间，不宜同时服用滋补性中药，如八珍丸、十全大补丸、人参归脾丸、人参养荣丸等，以免加重自身症状；不要吃甜食、生冷、荤腥等容易产生湿气的食物，以免影响藿香正气水的祛湿效果。服药三天后，如果症状没有改善，或出现明显的呕吐、腹泻，并有其他严重症状时，应去医院就诊。