生蚝是牡蛎的别名之一，因此二者在本质上并没有区别，但是在实际应用中有明确的约定俗成分工。
1、牡蛎：一般是指牡蛎科属软体动物的贝壳部分，具有重镇安神、潜阳补阴、软坚散结的功效，常用于治疗惊悸失眠、眩晕耳鸣、瘰疬痰核、癥瘕痞块；煅制后具有收敛固涩、制酸止痛的功效，常用于治疗自汗盗汗、遗精滑精、崩漏带下和胃痛吞酸。
2、生蚝：一般是指牡蛎科属软体动物的软体肉质部分，含有优质蛋白质、维生素及矿物质等多种营养成分。传统医学认为，本品具有滋补强壮、宁心安神、益智健脑、益胃生津、强筋健骨、细肤美颜、延年益寿的功效，常被烹制成多种药膳，比如韭香生蚝、脆炸生蚝、生蚝瘦肉汤、豆豉蒸生蚝等，有助于调理身体。
需要提醒的是，牡蛎与生蚝虽同源，但功效迥异，不可混淆。入药之牡蛎需打碎先煎，以便使有效成分充分析出；而食用之生蚝因生长于近海底层，极易富集副溶血性弧菌、诺如病毒及重金属镉、铅等污染物，务必彻底煮熟后食用，严禁生食。