芡实和莲子的区别，主要在于二者的来源不同、性状不同、功效主治不同和药理作用不同。
1、来源不同：芡实为睡莲科植物芡的干燥成熟种仁；而莲子为睡莲科植物莲的干燥成熟种子。
2、性状不同：芡实呈类球形，多为破粒，完整者的直径为5~8mm，表面有棕红色或红褐色内种皮，一端黄白色，约占全体1/3，有凹点状的种脐痕，除去内种皮显白色，质较硬，断面白色，粉性，气微，味淡；莲子略呈椭圆形或类球形，长1.2~1.8cm，直径0.8~1.4cm，表面红棕色，有细纵纹和较宽的脉纹，一端中心呈乳头状突起，棕褐色，多有裂口，其周边略下陷，质硬，种皮薄，不易剥离，子叶2，黄白色，肥厚，中有空隙，具绿色莲子心，或底部具有一小孔，不具莲子心，气微，味甘、微涩，莲子心味苦。
3、功效主治不同：芡实具有益肾固精、补脾止泻、除湿止带的功效，常用于治疗遗精滑精、遗尿尿频、脾虚久泻、白浊、带下等；而莲子具有补脾止泻、止带、益肾涩精、养心安神的功效，常用于治疗脾虚泄泻、带下、遗精和心悸失眠等。
4、药理作用不同：现代药理学研究发现，芡实具有抑菌、抗氧化、抗心肌缺血、保护胃黏膜、改善肾损伤、降血糖、降血压、抗衰老等作用；莲子具有抗氧化、增强免疫等作用。
需要提醒的是，芡实和莲子虽均为药食同源之品且功效有重叠，但芡实祛湿之力更优，莲子还具有养心安神之效，因此使用时需根据需求辨证选用。