蒲公英茶和蒲公英根茶没有绝对的好坏之分，二者功效基本一致，选择时主要依据个人口感偏好即可。
蒲公英根是中药蒲公英的入药部位之一。蒲公英来源于菊科植物蒲公英、碱地蒲公英及其多种同属植物的干燥全草。作为全草入药，其根、茎、叶皆为药用部分，故根的功效与全草基本一致，即清热解毒、消肿散结、利湿通淋。因此，蒲公英茶（通常指以全草为原料）和蒲公英根茶（以根部为原料）原则上没有本质区别。
然而，由于入药部位不同，二者的口感存在一定差异。蒲公英根茶口感醇厚浓郁，带有类似咖啡或大麦茶的焦香，适合喜欢浓郁口感的饮用者；蒲公英全草茶（茎叶为主）清爽微苦，带有草本植物的清香，适合喜欢清淡口味的饮用者。
需要注意的是，二者均性寒，因此不宜大量、长期饮用。若平素胃部冷痛、喜温喜按、大便溏薄，属脾胃虚寒者，饮用后可能会寒凉伤中，加重虚寒症状，应慎用或避免饮用。此外，蒲公英茶属日常调理之品，药力较缓，不可替代药物治疗。若有明显病症，需及时就医诊治，在专业中医师指导下辨证用药。