黄连主治是湿热证、心火亢盛证、胃火炽盛证、血热证、热毒壅盛证；外用可治湿疹湿疮、耳道流脓。
1、湿热证：黄连性味苦寒，能清热燥湿，尤长于清泄中焦脾胃、大肠湿热，常用治湿热泻痢、呕吐。
2、心火亢盛证：黄连清热泻火力强，尤善清心火，可用于治疗心火亢盛所致的心烦失眠、心悸不宁。
3、胃火炽盛证：黄连入胃经，善清胃火，可用于治疗胃火牙痛、消谷善饥。
4、血热证：黄连苦寒清泄，善于清热泻火，可用于治疗因邪热内盛、迫血妄行所导致的吐血、衄血。
5、热毒壅盛证：黄连能够清热解毒，尤善疗疔毒，常用于热毒炽盛所致的痈肿疔疮、目赤肿痛。
6、湿疹湿疮、耳道流脓：黄连有清热燥湿、泻火解毒之功，将其制为软膏外敷，可治皮肤湿疹、湿疮；取其浸汁涂患处，可治耳道流脓。
需要特别提醒的是，尽管黄连的主治明确，但其大苦大寒，易伤阳气、耗损阴津。因此，脾胃虚寒者应禁用；而阴虚津伤者当慎用，以免加重阴液亏耗，导致病情恶化。