储存马齿苋时，因食用与药用的目的不同，所采用的方法有所差异。
1、食用马齿苋的储存方法：如果仅需要短期保鲜，则可将新鲜马齿苋洗净沥干后装入保鲜袋密封，置于冰箱冷藏室；如果需要中长期储存，则可将新鲜马齿苋焯水、快速降温并沥干后放入冰箱冷冻室。此外，还可将新鲜马齿苋焯水挤干后加盐、蒜末、辣椒等调料揉搓，装罐压实发酵3~5天后冷藏，风味独特但含盐量高，不宜多食。
2、药用马齿苋的储存方法：在医院、中医药店或信誉良好的大型医药企业购买的马齿苋，未开封时可直接置于阴凉干燥处，避免靠近灶台、水槽等潮湿高温区域；若包装已开封，则需将剩余马齿苋转入干净、干燥、密封性强的容器中，然后放置在阴凉干燥处。
需要提醒的是，无论是食用还是药用，马齿苋在储存期间都需定期检查，若出现霉变、虫蛀或异味，则应立即丢弃，不可继续食用或使用。