马齿苋的入药为全草部分。
1、传统依据：马齿苋作为常用中药材，其全草入药的历史已逾千年，历代医家在治疗热毒血痢、疮疡肿毒、便血等病症时，均以全草煎煮、捣敷或泡水，实践证明全草使用能最大化发挥其综合治疗作用。
2、成分分布：马齿苋的有效成分如有机酸类、黄酮类等，并非集中在某一单一部位，而是广泛存在于茎、叶、花中。比如，茎部富含苹果酸、柠檬酸等有机酸，叶片中的黄酮类化合物和多糖含量最高，花部则含有独特的生物碱类物质。各部位成分互补，协同增效，使马齿苋具有清热解毒、凉血止血、止痢的功效。
需要提醒的是，马齿苋性寒滑利，因此脾胃虚寒、肠滑作泄者慎服，以防其寒凉之性进一步损伤脾胃阳气、滑利之性加重肠道传导失常，引发或加剧腹痛、腹泻、食欲不振等不适症状。此外，马齿苋对子宫平滑肌有明显的兴奋作用，因此孕妇及先兆流产者禁用。