石斛在规范使用的情况下通常无副作用，但若用药不当或体质不符，可能会引起一些不良反应，比如消化系统不适、过敏反应等。
1、消化系统不适：石斛性微寒，质地黏腻，若过量、长期服用，或者本身存在脾胃虚寒的情况，则容易阻碍脾胃运化功能，引发或加重胃脘胀满、食欲减退、恶心欲呕、大便溏薄或黏腻不爽等症状。
2、过敏反应：少数过敏体质者服用石斛后可能会发生过敏反应，轻者表现为皮肤瘙痒、红斑、荨麻疹等，重者可能会出现呼吸困难、喉头水肿等危及生命的症状。
3、其他：若温热病患者在疾病早期服用石斛，则会闭门留寇，使病邪无法透散外出，从而加重病情或延长病程。若湿温病尚未化燥伤津者服用石斛，则会因助湿碍脾而导致体内湿气更难化解、气机郁滞加重，不利于病情恢复。
需要注意，对于需要使用石斛治疗者，应在专业中医师的指导下根据病证轻重选择品种与剂量，切勿擅自长期大剂量服用，以确保疗效和安全。