肉苁蓉应该贮藏于干燥容器内，密闭保存，并放置于通风干燥处，防受潮后起霜。同时，注意防霉、防蛀。
1、贮于干燥容器：肉苁蓉含有多糖、苷类等成分，容易吸潮变软，需放置在洁净、干燥、无异味的陶瓷罐、玻璃瓶等容器中，避免用普通纸袋、塑料袋直接存放，以有效阻隔外界湿气，保持药材质地稳定。
2、密闭保存：将肉苁蓉装入容器后，应及时盖紧并密闭封口，避免空气中的湿气、异味、虫体或虫卵进入。这样可延缓药材氧化、变色、变质及虫蛀，最大程度保留有效成分，维持药效稳定。
3、通风干燥处：密封后的肉苁蓉宜放在阴凉、通风、干燥的环境，远离厨房、卫生间等潮湿场所，同时避免阳光直射、靠近暖气、灶台等高温位置，以延长保存时间。
4、防受潮后起霜：肉苁蓉含糖量较高，受潮后极易在表面析出白色结晶物，俗称 “起霜”。起霜后的药材容易黏连、变质，不仅外观改变，还可能影响药效和使用安全，因此在潮湿季节或地区尤其要注意防潮。
需要注意，保存肉苁蓉期间应定期检查，观察药材有无霉点、虫蛀、异味、黏连等现象。若发现轻微受潮，可及时阴干处理；若已出现明显霉变、虫蛀或变质，则不可再使用。