长期服用肉苁蓉通常没有副作用，但若用量不当或体质不符，则可能会引发一系列不良反应，比如胃肠不适、阴阳失衡等。
1、胃肠不适：肉苁蓉富含多糖和胶质，质润滋腻，在长期过量使用的情况下容易阻碍脾胃运化，引发或加重脘腹胀满、食欲减退、大便溏薄等不适。若本身就存在脾胃虚弱的情况，则这类症状会更加明显。
2、阴阳失衡：肉苁蓉性温，入肾经而长于补肾助阳。若未经专业指导而长期服用，则容易导致阳气偏亢，引发口干咽燥、面红目赤、心烦失眠、小便短黄等“上火”表现。传统医学认为，阴阳互根互用，故长期单用补阳之品而忽略益阴，会逐渐耗伤阴液，导致阴阳失调。
3、其他：肉苁蓉具有一定的降低血压作用，低血压患者若长期大量服用，则可能使血压进一步下降，出现头晕、乏力等不适症状。此外，体质偏热、阴虚火旺者长期服用肉苁蓉，容易加重内热症状。
需要注意，肉苁蓉应在专业中医师的指导下辨证使用，不建议无适应证长期连续服用，避免盲目进补带来不良影响。