肉苁蓉（生苁蓉）和酒苁蓉的区别在于炮制方法、饮片性状和功效侧重不同。
1、炮制方法不同：生苁蓉为取原药材，除去杂质，大小分开，稍浸泡，润透，切厚片，干燥而成；而酒苁蓉为取净肉苁蓉片，加入黄酒拌匀，置于蒸制容器内，隔水蒸透或密闭隔水炖至酒被吸尽，表面呈黑色，取出，干燥而成，每100kg肉苁蓉片，用黄酒20或30kg。
2、饮片性状不同：生苁蓉呈不规则的厚片，表面棕褐色或灰棕色，有的可见肉质鳞叶，切面有淡棕色或棕黄色点状维管束，排列成波状环纹（肉苁蓉）或切面散生点状维管束（管花肉苁蓉），气微，味甜、微苦；而酒苁蓉形如肉苁蓉片，表面黑棕色，质柔润，略有酒香气，味甜、微苦。
3、功效侧重不同：生苁蓉的功效偏于补肾止浊、滑肠迫便，多用于治疗肾气不足、肠燥便秘、白浊；而酒苁蓉的功效偏于补肾助阳，多用于治疗肾阳不足所致的阳痿、腰痛、不孕。
需要注意，生苁蓉和酒苁蓉不可随意替代，建议在专业中医师的指导下辨证使用，以确保疗效和安全。