由于保和丸含有制半夏，所以不可以与川乌、草乌、附子合用，如大活络丹、小活络丸、木瓜丸、追风透骨丸、附子理中丸、桂附地黄丸等，以免发生严重的毒副反应。同时也不可以服用滋补性中药，如阿胶、黄芪、人参、龙眼肉等，以免影响本品药效或导致症状加重。如果需要同时使用其他药物，应提前咨询医师或者药师。
患者通常可以自行购买使用本品，但有高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重的患者，以及孕妇、儿童、哺乳期妇女、年老体弱者，应在医师指导下使用，以防自行用药而发生用药风险。一般服用本品3天症状可有一定程度的缓解，如果用药3天症状不见缓解甚至加重，应及时到医院就诊。服药期间，不要吃辛辣油腻的食物，并且要戒烟戒酒。