奥美拉唑和泮托拉唑都是质子泵抑制剂，可以抑制胃酸的分泌。奥美拉唑是第一代的质子泵抑制剂，泮托拉唑在奥美拉唑的基础上，进行了化学结构上的修饰，使其与质子泵结合具有更高的选择性，因此抑酸作用更强、持续时间更久。而且泮托拉唑在弱酸条件下比奥美拉唑更为稳定，在代谢过程中不易与细胞色素P450作用而氧化失效，生物利用度较奥美拉唑有所提高。另外，奥美拉唑会影响氯吡格雷的活化，对于正在使用氯吡格雷治疗的患者，建议选择泮托拉唑或雷贝拉唑等抑制胃酸分泌的药物。
奥美拉唑、泮托拉唑这样的质子泵抑制剂，一般都要在饭前半小时到一小时服用，它们通过抑制质子泵来抑制胃酸分泌，质子泵只有在进餐时比较活跃。所以饭前服用，进餐时质子泵达到活跃的状态，保证药物在质子泵活跃时可以发挥作用。