葛根在常规剂量和短期使用的情况下通常不会引起明显不良反应。但若使用剂量过大、时间过长或体质不符，则可能会导致消化系统不适、过敏反应甚至急性中毒反应等。
1、消化系统不适： 葛根性凉，过量或长期服用易伤脾胃阳气，影响运化功能，可能引起胃脘冷痛、腹胀、恶心、呕吐、食欲减退、大便溏稀等不适症状。
2、过敏反应：少数体质敏感者可能对葛根中的葛根素、黄豆苷元、黄豆苷等成分产生过敏，轻者表现为皮肤潮红、瘙痒、皮疹，严重者可出现口唇肿胀、呼吸困难、心慌甚至过敏性休克，应立即停药并紧急就医。
3、急性中毒反应：大剂量葛根还可能导致急性中毒反应，引起心悸、口干欲饮、烦躁不安、神志不清、面色潮红，甚至精神异常、语言不清等近似莨菪类药物中毒的症状。
4、其他：个别患者服用葛根后，还可能会出现药物性肝炎等不良反应。
需要提醒的是，葛根具有降血压、降血糖的作用，故与降压药、降糖药、脑血管扩张药同用时宜减量。此外，葛根不宜与肾上腺素和异丙肾上腺素同用，避免与头孢菌素类抗生素、复方氨基比林、阿司匹林等同用，以防降低药效或增加不良反应的风险。