法莫替丁和奥美拉唑都是抑制胃酸分泌的药物，但他们的作用机制是不同的。法莫替丁为组胺受体阻断药，对H2受体亲和力高，因此对基础分泌或因给予各种刺激而引起的胃酸以及胃蛋白酶增加，都有明显的抑制作用。而奥美拉唑为质子泵抑制剂，当药物进入血液和壁细胞结合时，能使H/K-ATP质子泵失活，从而达到抑制胃酸分泌的作用。
与法莫替丁相比，奥美拉唑抑制胃酸分泌的作用更强，持续时间也更强，药物的作用效果更好一些。如果患者需要抑制胃酸分泌治疗的话，临床上目前首选奥美拉唑等质子泵抑制剂。但如果您需要进行抑制胃酸分泌治疗的话，最好还是先去医院做一下相关检查，医生会根据您的病情进展、经济情况等，为您选择合适的药物，不要擅自用药，以免延误病情。