新鲜土茯苓的保存方法因需要保存的时长而有所差异，主要包括冰箱冷藏法、通风阴干法和晒干法。
1、冰箱冷藏法：适用于短期保存（约1~2周）。将新鲜土茯苓表面的泥土轻轻洗净、擦干，用厨房纸包裹后放入保鲜袋或密封盒中，置于冰箱冷藏室（4℃左右）保存。此法可保持其鲜品特性，防止霉变与脱水，但不宜久存，否则仍可能发芽或腐烂。
2、通风阴干法：适用于中短期（1～3个月）保存。将新鲜土茯苓洗净、擦干，切成约3～5mm的薄片，平铺在竹匾、筛网或干净报纸上，置于阴凉、通风、避免阳光直射的地方。每天翻动1～2次，使水分均匀散失，直至薄片表面干燥、质脆，但颜色仍保留浅棕色或淡黄色。此方法能较好保留有效成分，但需注意梅雨季节或湿度高处容易发霉，应缩短干燥时间或改用晒干法。
3、晒干法：适用于长期保存（半年以上）。选择连续晴好天气，将新鲜土茯苓洗净、切片（厚度约3～5mm），直接摊放在竹席或干净布上，在阳光下暴晒或低温烘干，直至质地坚硬、断面干燥。晒干后装入密封袋或容器中，存放于阴凉干燥处。此法便于随时取用，但需注意晒干过程中不可淋雨或沾露水，否则极易霉变。
需要提醒的是，土茯苓鲜品富含淀粉与水分，极易霉变、虫蛀或腐烂，无论采用何种方法，保存期间均应定期检查；若表面出现黑斑、异味、黏液或质地软烂，即已变质，不可再用。