奥美拉唑是第一个质子泵抑制剂，于1988年首次在瑞士上市，属于第一代质子泵抑制剂；埃索美拉唑于2000年首次在英国上市，属第二代质子泵抑制剂。奥美拉唑是R型和S型两种光学异构体的混合物，埃索美拉唑是在奥美拉唑基础上，把药效差的R型异构体剔除后得到的，抑酸作用大大增强。研究人员做过埃索美拉唑与奥美拉唑治疗胃溃疡的临床对比研究，发现，埃索美拉唑的总有效率为93.24%，明显高于奥美拉唑的73.61%，不良反应发生率无显著差异。
奥美拉唑主要由肝药酶CYP2C19代谢，受基因多态性影响较大，也就是说，不同体质的人，有的服用奥美拉唑有效，而有的人服用奥美拉唑效果较差。埃索美拉唑由肝药酶CYP2A4和CYP2C19代谢，个体差异小于奥美拉唑，对于服用奥美拉唑效果较差的朋友，可以试试埃索美拉唑。
在幽门螺旋杆菌的四联用药中，质子泵抑制剂的抑酸强度，直接决定了抗生素的抗菌效果和幽门螺旋杆菌的根治率，因此，相比奥美拉唑，埃索美拉唑通常是优先选择的药物。不过，埃索美拉唑的价格一般比奥美拉唑更高，因此请您在医生的指导下用药，医生会根据您的经济情况、病情进展，选择合适的药物。
