白芷的药用部位是干燥根，这是《中华人民共和国药典》2020年版一部的明确规定。
1、采收加工：夏、秋间叶黄时采挖，除去须根和泥沙，然后将新鲜采收的白芷置于阳光下暴晒或低温烘干。浙江地区可将白芷置于水缸中，洗去泥土、须根，再拌入石灰进行暴晒。如遇连续阴雨天气，可用硫熏法进行防腐处理。
2、药材性状：白芷呈长圆锥形，长10~25cm，直径1.5~2.5cm，表面灰棕色或黄棕色，根头部钝四棱形或近圆形，具纵皱纹、支根痕及皮孔样的横向突起，有的排列成四纵行。顶端有凹陷的茎痕。质坚实，断面白色或灰白色，粉性，形成层环棕色，近方形或近圆形，皮部散有多数棕色油点。气芳香，味辛、微苦。
3、挑选要点：白芷以条粗壮、体重、粉性足、棕色油点多、香气浓者为佳，避免选购断面发黄、质地疏松、香气淡薄或有酸败、硫熏异味者。
需要提醒的是，白芷含挥发油及香豆素类成分，贮存时应置于阴凉干燥处，注意防蛀。若检查发现白芷的性状发生改变，比如表面出现霉斑、虫蛀孔洞、断面颜色变深、质地变软发黏、香气散失或出现异味，则表明药材已变质，不可继续入药使用。