艾叶内服的副作用包括胃肠道刺激、过敏反应、神经毒性以及肝脏损伤等；外用的副作用主要为皮肤刺激。
一、内服的副作用
1、胃肠道刺激：艾叶的挥发油成分对胃肠黏膜具有直接刺激性，内服过量或空腹服用易引发恶心、呕吐、胃脘灼热、腹痛腹泻等不适。
2、过敏反应：部分人群对艾叶所含的挥发油、黄酮类或萜类成分敏感，内服后可诱发机体免疫应答，出现皮肤瘙痒、红斑、荨麻疹等皮肤症状，严重者可致喉头水肿、呼吸困难甚至过敏性休克。
3、神经毒性：艾叶有小毒，其挥发油中的某些成分可透过血脑屏障作用于中枢神经系统，过量内服可抑制神经功能，引发头晕、头痛、嗜睡、乏力，严重时可出现四肢震颤、抽搐、意识模糊乃至昏迷。
4、肝脏损伤：艾叶所含的挥发油成分进入肝脏后可导致肝细胞代谢障碍，造成肝细胞损伤，表现为转氨酶升高、黄疸、肝区隐痛等。
二、外用的副作用
艾叶的挥发油成分对皮肤有轻度刺激作用，局部外用，可能引起发热、潮红等表现。
需要提醒的是，艾叶虽为临床常用之品，但有小毒，无论内服外用均应在专业中医师指导下使用，严格控制剂量与疗程，切忌长期大量滥用。若用药期间出现恶心、呕吐、头晕、皮疹、呼吸困难或肝功能异常等任何不适，则应立即停用并及时就医，以防延误病情或加重毒性反应。