总体而言，石菖蒲与水菖蒲同属天南星科菖蒲属，外形相近，但品种、形态、生长环境、功效用法存在明显区别，二者不可混用，入药和养生调理需准确区分。
1、植株形态与外观
石菖蒲植株偏矮小，叶片短细，无明显中脉。根茎细小、节位密集、分枝较多，香气浓郁且持久。水菖蒲植株高大挺拔，叶片宽大修长，叶片中脉突出。根茎粗壮肥大，节间稀疏，气味偏淡，还略带腥气。
2、生长环境与产地
石菖蒲偏好阴凉环境，大多生长在山涧石缝、溪谷湿地之中，主产于我国南方多地。水菖蒲喜水喜光，多生长在沼泽、池塘、水田等深水区域，南北各地水域均有广泛分布。
3、性味与功效侧重
二者均味辛、苦，性温。石菖蒲归心、胃经，擅长开窍醒神、宁心安神、化湿开胃，多用于改善失眠健忘、心神不宁、脾胃湿滞等问题。水菖蒲以除湿健胃、杀虫止痒为主要作用，开窍安神功效较弱，更适用于皮肤相关不适。
4、用法与使用禁忌
石菖蒲内服常规用量3至10克，也常煎水外洗、制作香囊，阴虚火旺、多汗人群慎用。水菖蒲以外用煎洗为主，内服必须遵从专业指导，孕妇禁止使用，过量服用易引发肠胃不适。
综上，二者特征与功效各有侧重，安神、入药、日常养生优先选用石菖蒲，皮肤祛湿止痒可选用水菖蒲，使用前仔细辨别，避免混用。