百令胶囊可以辅助治疗各种肾脏疾病，包括肾炎、肾小球肾炎等；还能治疗Ⅱ型糖尿病导致的肾病综合症，如尿蛋白。它具有补肺肾，益精气的功效，中医上主要用于肺肾两虚引起的咳嗽、气喘、咯血、腰背酸痛、面目浮肿、夜尿清长（夜间尿量增多以及尿液颜色较淡）。
此外，百令胶囊还用于反复的尿路感染；肝脏疾病，如病毒性肝炎；或者治疗一些呼吸系统的疾病，如肺气肿、慢性支气管炎、肺心病等。另外，百令胶囊还有一定的提高免疫力的功能，所以可以辅助治疗肿瘤。
本品具有很大的温补效果，所以对于阴虚、火热或者实热证的患者不是特别合适，这些患者主要表现为怕热、爱出汗、手心热、便秘、脾气暴躁等，一般到晚上经常还会出现失眠、心烦。流鼻血、口干、咽干的患者也不太适合吃百令胶囊，吃了之后很容易导致上火，从而导致原有疾病加重。孕妇要避免使用，不然有可能对胎儿产生不良影响。