奥美拉唑最大的副作用是肾功能下降，个别患者服药后出现胃黏膜细胞增生和萎缩性胃炎，长期用药甚至会引发胃部癌症。通常来说，吃了奥美拉唑后比较常出现的副作用包括头痛、口干、恶心、呕吐、腹胀、便秘、腹泻、腹痛等，一般是轻微和短暂的，大多不影响治疗。偶尔还会出现头晕、感觉异常、嗜睡、失眠、皮疹、瘙痒、荨麻疹，极个别人甚至会出现多形性红斑、毒性表皮坏死、血管性水肿、支气管痉挛等症状，一旦出现严重的不良反应，应及时去医院就诊。
长期服用奥美拉唑还可能会导致骨质疏松，所以一般不建议连续吃超过三个月。如果需要长期用药，必须要经过专业医生的评估。经常胃不舒服的患者，应该及时去医院检查，找出病因后合理用药，千万不要擅自服用药物，以免延误病情。平时在饮食上，也要注意保持饮食清淡，多吃些面条、蒸鸡蛋羹等容易消化、软烂的食物，少吃生冷、油腻、辛辣刺激的东西。