肠炎宁和黄连素都可以用于治疗腹泻，但黄连素属于西药，主要用于治疗肠道感染，如胃肠炎。而肠炎宁为中成药，用于大肠湿热导致的泄泻、痢疾，具体表现为大便次数明显增多、稀水样或脓血样大便、里急后重（下腹不适有便意但又排便不爽）、腹痛、腹胀，也可用于有上述症状的急慢性胃肠炎、细菌性痢疾、小儿消化不良。
黄连素，通常指盐酸小檗碱，常见剂型为片剂、胶囊剂，是常用的止泻类非处方药，患者通常可以自行购买使用，但怀孕头三个月和哺乳期妇女要慎用，如果需要用药应先咨询医生，溶血性贫血的患者应避免使用。
肠炎宁，常见剂型有片剂、胶囊剂、颗粒剂、糖浆剂、丸剂等，部分属于处方药，部分属于非处方药。本品作为处方药时，需要在医师指导下使用，并凭借医生处方才可以购买。如果您症状轻微可以自行购买非处方药，其药盒上会有OTC的标志。孕妇应避免使用本品，不然可能会对胎儿产生不良影响。有慢性结肠炎、溃疡性结肠炎便脓血等慢性病史的患者，如果出现腹泻的症状，应及时到医院就诊，如果症状严重，或者有里急后重、脓血便的患者，也要尽快就诊，在医师指导下用药治疗，不要自行用药。
患者在用药前，应明确自己适合使用哪种药物进行治疗，如果自己不能判断，可以寻求专业医师或者药师的帮助。