灵芝属于真菌，在分类上归多孔菌科灵芝属，是腐生药用真菌，和日常蘑菇同大类，但品种与功效差异明显。
1、生物学分类依据
真菌分为酵母菌、霉菌、大型蕈菌，灵芝属于大型药用蕈菌。药典记载药用赤芝、紫芝均为真菌干燥子实体，不含叶绿素，无法自身光合作用，依靠分解木材养分生长，完全符合真菌特征。
2、和普通食用蘑菇的区别
平菇、香菇侧重食用，灵芝为药食同源真菌。普通蘑菇肉质松软、生长周期短；灵芝木质化坚硬，生长周期久，富含三萜、多糖等活性物质，偏向调养脏腑。
3、生长繁殖特点区分
灵芝依靠孢子繁殖，成熟后菌盖下方释放孢子；依靠腐木汲取营养，人工种植多以椴木、木屑为基质。植物依靠种子、根系、叶绿素存活，灵芝无根茎叶片，不属于植物。
总而言之，灵芝本质是多孔菌科真菌的干燥子实体，并非植物，依靠孢子与腐木营养生长。它和食用蘑菇同属真菌大类，但木质化程度高、活性成分丰富，兼具药用调养价值，也是药典明确收录的药用真菌。