薄荷的药用部位是“地上部分”，具体包括茎、叶和花。
薄荷的药用价值主要来自其挥发油成分如薄荷脑（薄荷醇）、薄荷酮等，这些成分主要储存在茎和叶的腺鳞、腺毛中。研究表明，薄荷叶是挥发油含量最高、成分最丰富、药用价值最大的部位，其中新鲜叶含油约0.8%~1%、干叶含油约1.3%~2%；茎的挥发油成分与叶片相似，但含量低得多；花中挥发油含量可能更高，但其成分与叶片差异较大，且因品种不同而变化。而根的成分以长链烷烃为主，几乎不含挥发油成分，故没有药用价值。
此外，薄荷的采收时间也会影响其药效。通常每年收割2次，第一次于6月下旬至7月上旬，但不得迟于7月中旬；第二次在10月上旬开花期进行。收割时，选在晴天上午10时后至下午4时前，以中午12时至下午2时为佳。
需要提醒的是，薄荷的挥发油成分在高温、光照、潮湿、长期暴露条件下极易挥发散失，故干燥后应尽快密封包装，然后存放于阴凉、干燥、避光处，且建议在一年内用完。