奥美拉唑肠溶胶囊能否长期吃，是由要治疗的具体疾病以及患者的病情进展所决定的。
有些奥美拉唑肠溶胶囊是处方类药物，必须按照医生嘱咐的疗程使用，不能擅自停药，也不能随意延长用药时间。部分是非处方类药物（外包装盒上印有OTC标志），可以自己在药店购买使用，具体吃多久得根据具体疾病来看。当用于胃溃疡时，疗程通常为4-8周；十二指肠溃疡疗程通常为2-4周，如果初始的疗程效果不明显，可以再继续治疗两周；当用于反流性食管炎时，疗程通常为4-8周。如果难以把握病情发展或者不确定吃多久，最好还是咨询一下医生或药师，在专业人员的指导下服用。服用肠溶胶囊时注意不要将胶囊打开，否则药物颗粒在胃内过早释放，会使疗效大打折扣。
长期服用奥美拉唑肠溶胶囊的患者，可能会出现骨质疏松、腹泻、萎缩性胃炎，并出现维生素B12吸收障碍的问题，所以一般不建议连续吃超过三个月。对于老年人来说，长期抑酸还可能使骨折、患相关性肺炎的概率明显增加。如果需要长期用药，必须要经过专业医生的评估。在服药过程中，一旦出现了身体不适或异常，请及时去医院复诊，让医生了解情况后，为你调整治疗方案，不要擅自停药、加量、断服、延长用药。
