百令胶囊和金水宝胶囊都是临床常用的中成药，它们的成分都是发酵的冬虫夏草菌粉，它们的功效都是补益肺肾，用于治疗肺肾两虚引起的咳嗽、腰痛，还用于慢性支气管炎、慢性肾功能不全的辅助治疗等。但两药是有区别的，最重要的不同就是发酵培养时所用的菌种不一样，不同菌种发酵得到的虫草菌粉的作用、特点会有所不同。
百令胶囊所用的菌种是中华被毛孢，金水宝胶囊所用的菌种是蝙蝠蛾科拟青霉菌，它们虽然都是麦角菌科虫草属的真菌，但是研究发现，金水宝胶囊所用菌种的有效性最接近野生冬虫夏草。
百令胶囊和金水宝胶囊都是既有处方药也有非处方药，处方药必须经过医生明确诊断之后才能使用，请严格遵医嘱用药。非处方药需遵照说明书指导谨慎使用，出现任何疑问也要及时咨询医生。不要在百令胶囊和金水宝胶囊之间随意换药。用药期间如果症状不见好转，或出现其他不适症状，要及时咨询医生。