通过药物或者手术的治疗干预，卵巢巧克力囊肿患者病情多可获得有效控制，实现临床治愈。但它存在一定的复发率，难以彻底根治。复发的原因包括：

1、发病机制难以阻断。巧克力囊肿是由于子宫内膜随经血逆流，异位到卵巢形成的。只要患者仍然存在月经，就有再次发生经血逆流的可能，就难以避免子宫内膜再次种植到卵巢。

2、病灶难以彻底清除。有的患者即使选择手术清除病灶，但有可能遗留一些肉眼不可见的病灶。这些病灶可再次增殖形成大的病灶，导致系列症状。

绝经后，女性雌激素水平降低，子宫内膜异位症复发率也会随之降低。所以建议子宫内膜异位症患者在绝经前，进行长期疾病监测和管理，预防复发。