头孢和阿奇霉素是属于两类不同的药物，抗菌机制和抗菌谱都不太一样，所以无法说哪个药物更好一些，只有哪个抗生素对于某种疾病更为合适。
阿奇霉素通过抑制细菌的蛋白质合成达到抑菌的效果，属于抑菌剂，对支原体和衣原体感染具有较好的疗效；头孢类主要是分为几代，现在可用到的一般是四代到五代，通过破坏细菌的细胞壁达到杀菌的效果，它针对的是广谱菌，像革兰氏阳性以及阴性杆菌所引起的各种炎症，但对没有细胞壁的支原体、衣原体没有效果。
所以，如果是支原体，或者是衣原体感染引起的疾病，当然首选阿奇霉素。如果是链球菌感染、葡萄球菌感染引起的疾病，可以选择头孢菌素类。当考虑患者是混合性感染如社区获得性肺炎时，可能还需要阿奇霉素联合头孢同时使用。
无论是阿奇霉素或者头孢菌素，都需要在医生的指导下，根据感染的部位，病原微生物的种类，药敏实验结果等综合分析进行选择使用。