一般小儿使用阿奇霉素可以治疗支原体或者是衣原体感染，其副作用主要是胃肠道的不良反应，主要症状包括腹痛、腹泻、呕吐或者是食欲下降，在停用阿奇霉素之后，不良反应通常可以消失。阿奇霉素也可以引起过敏反应，比如皮疹，重者可能会出现过敏性休克，严重的不良反应一般比较少见。
阿奇霉素属于大环内酯类抗生素，具有交叉过敏性，如果您的小孩之前使用罗红霉素等此类药物出现过敏反应，不宜使用阿奇霉素。另外一个就是阿奇霉素可以引起心脏损害，主要表现为心律失常或者是QT间期延长。所以，一般不建议6个月以内的婴幼儿使用阿奇霉素，哺乳期妇女服用后10天内不能哺乳，因为阿奇霉素会增加婴儿肥厚性幽门狭窄的风险。
用药期间要避免小孩暴晒，建议外出时给小孩穿上防晒衣或涂上防晒霜，因为阿奇霉素可能会使皮肤更容易晒伤。为了减轻胃肠道反应，饮食方面要尽量清淡，不要吃辛辣刺激、油腻、生冷的食物。用药期间要注意监测孩子的身体反应，出现任何严重、持续或进展性情况均须及时与医生沟通。